Doktorandské štúdium prebieha v dvoch formách. Denné štúdium so štandardnou dĺžkou štúdia 3 roky a štúdium v externej forme so štandardnou dĺžkou 4 roky. Štúdium prebieha podľa individuálneho študijného plánu. Na základe odporúčaného študijného plánu ho zostavuje školiteľ a predkladá ho na schválenie odborovej komisii zriadenej podľa vnútorného predpisu fakulty. Študijný program pozostáva zo študijnej časti a z vedeckej časti.
Študijná časť sa sústreďuje na získanie hlbokých teoretických poznatkov z odboru a osvojenie metodologického aparátu. Súčasťou študijnej časti je štúdium predmetov špecializácie zvolených v súlade s témou dizertačnej práce. Študent si môže navyše vybrať ako výberový predmet ľubovoľný predmet z iných študijných programov. Vedecká časť kladie dôraz na individuálnu ale aj tímovú prácu doktoranda a je zameraná na tému dizertačnej práce.
Absolvent tretieho stupňa vysokoškolského štúdia odboru Aplikovaná informatika získa hlboké teoretické a metodologické vedomosti a praktické skúsenosti z kľúčových oblastí aplikovanej informatiky na úrovni súčasného stavu výskumu vo svete, osvojí si zásady samostatnej aj tímovej vedeckej práce, vedeckého bádania, vedeckého formulovania problémov, riešenia zložitých vedeckých problémov aj prezentácie vedeckých výsledkov. Taktiež bude schopný analyzovať a riešiť zložité a neštandardné úlohy najmä v oblasti bezpečnosť informačných systémov, pokročilé internetové technológie, pokročilé inteligentné systémy a modelovanie a simulácia udalostných systémov. Absolvent odboru Aplikovaná informatika dokáže tvorivo aplikovať nadobudnuté poznatky v praxi, najmä v oblastiach bankovníctva, podnikových procesov a výrobných systémov, nájde profesionálne uplatnenie v rôznych odvetviach vedy, výskumu, priemyslu a služieb vo verejnom aj súkromnom sektore.
Po skončení štúdia je absolvent pripravený viesť menšie aj väčšie kolektívy vedeckých, výskumných a vývojových pracovníkov, viesť veľké projekty a brať zodpovednosť za komplexné riešenia vedeckých a výskumných problémov. Bez problémov sa orientuje v najnovších vedeckých a výskumných trendoch v aplikáciách informatiky v prírodných, technických, ekonomických, matematických a spoločenských vedách.
